Alueen vesistöt kuuluvat pääosin hyvään laatuluokkaan ja niitä voidaan pitää lähes luonnontilaisina. Alueen vesialueet ovat toimineet ja tulevat toimimaan erilaisten kalalajien lisääntymisalueina. Jätteenkäsittely on ollut erityisen huomion kohteena viime vuosina Mikkelin alueella ja veden laatua tarkkaillaan tehokkaasti.